A Os ataques indígenas aos acampamentos e as doenças tropicais que dizimavam os trabalhadores somaram-se à dificuldade de transpor as regiões de mata fechada e rios encachoeirados.
B O capital utilizado foi exclusivamente nacional, o que explica os diversos períodos de paralisação da obra pela dificuldade de investimento, conseqüência de períodos críticos da economia nacional.
C A construção da Estrada de Ferro Madeira-Mamoré interrompeu o processo de integração regional em curso na época, já que deslocou para a obra contingentes militares empenhados no desbravamento da Amazônia.
D A Bolívia dificultou a obra criando obstáculos diversos, desde o simples não-cumprimento dos trâmites legais até a ocupação militar do Acre, em 1899.
E A maior parte da mão-de-obra utilizada na construção da ferrovia constituiu-se de indígenas apresados, provocando extermínio da população nativa ao longo do trajeto da ferrovia.