A as sequências alinhadas são representadas como frases separadas por espaços a cada 3 aminoácidos, como códons.
B espaçamentos podem ser inseridos entre os resíduos para que os caracteres diferentes (de acordo com um critério) sejam alinhados em linhas sucessivas.
C se duas sequências em um alinhamento compartilham de um ancestral comum, todos os caracteres das sequências alinhadas são idênticos.
D os alinhamentos são importantes por permitirem a identificação visual de regiões similares que possam ser consequência de relações funcionais, estruturais ou evolucionárias entre elas.
E inserções ou deleções introduzidas em uma ou em ambas as sequências mostram que elas não têm a mesma função.