A O SISAN funciona por colegiados municipais autossuficientes, com adesão automática de estados e municípios e centralização das diretrizes em plano único federal com execução direta.
B O SISAN fixa a coordenação no Ministério da Saúde, limita a participação social a consultas eletrônicas e define as conferências como espaços técnicos sem representação paritária.
C O SISAN integra órgãos e entidades da União, dos estados, do Distrito Federal e dos municípios, além de organizações da sociedade civil relacionadas ao tema, articulando formulação, execução, acompanhamento e avaliação das políticas de segurança alimentar e nutricional.
D O SISAN condiciona a entrada dos entes ao cumprimento prévio de metas orçamentárias anuais e confere aos conselhos nacionais a competência de ordenar despesas executivas no âmbito da administração direta.
E O SISAN prevê programas setoriais isolados por pastas específicas, com planos estaduais facultativos e participação de organizações sociais restrita a caráter informativo em reuniões pontuais.