A será dirigida por uma Diretoria Colegiada, devendo contar, também, com um Juiz, um Fiscal e um Procurador.
B contará, ainda, com um Conselho Deliberativo, que deverá ter, no mínimo, representantes dos Municípios, dos produtores, dos comerciantes e da comunidade científica.
C poderá ter dirigentes vinculados a outra atividade profissional, empresarial, sindical ou de direção político-partidária.
D poderá delegar as atividades de vigilância epidemiológica e de controle de vetores relativas a portos, aeroportos e fronteiras, para os gestores municipais mediante execução pelas suas respectivas unidades básicas de saúde.
E tem competência para fomentar e realizar estudos e pesquisas no âmbito de suas atribuições.