A O sentido de “aqui” (l. 03) refere-se ao Brasil, não a Porto Alegre.
B Entre “depois” e “em todo o território nacional” (l. 05) subentende-se a ideia de espalhar “viajantes, marujos e a própria doença”.
C As vírgulas após “viajantes” (l. 03) e após “Recife (PE)” (l. 04) têm a mesma função.
D O ponto e vírgula poderia ser substituído por ponto, gerando, assim, uma nova frase no texto.
E O sentido da oração “tanto por causa dos primeiros infectados quanto de outros navios” é de comparação.