A a universalidade do gene 16S rRNA, que pode ser utilizado para diferenciar entre muitos tipos de microrganismos, como bactérias, arqueas e fungos.
B o sequenciamento do gene completo não é necessário, já que fragmentos do gene (como a região V4) amplificados por iniciadores universais tem a mesma resolução a nível de espécie.
C polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) na sequência do gene 16S rRNA podem ser usados para monitorar a distribuição de cepas de relevância clínica.
D a capacidade discriminatória da técnica se deve aos pares de iniciadores, que são desenhados para as regiões variáveis do gene e amplificam regiões conservadas em bactérias.
E que é uma técnica rápida e de baixo custo.