A o órgão de orientação superior da Ebserh é o Conselho de Administração, composto por nove membros, três dos quais indicados pelo Ministro da Saúde.
B o prazo de gestão dos membros do Conselho de Administração será de dois anos contados a partir da data de publicação do ato de nomeação, não podendo ser os membros reconduzidos por período subsequente.
C no caso de vacância definitiva do cargo de Conselheiro, o substituto será nomeado pelo Ministro de Estado referente.
D compete ao Conselho de Administração apreciar os relatórios anuais de auditoria e as informações sobre os resultados da ação da Ebserh, bem como sobre os principais projetos por esta apoiados.
E o Presidente da Empresa poderá exercer a Presidência do Conselho, de forma interina, por até 30 dias.