A A utilização de primers universais elimina a necessidade de filtragem de sequências contaminantes, garantindo que todas as leituras representem organismos da amostra original.
B O uso de sequências de referência conhecidas permite remover qualquer OTU que não esteja previamente catalogada em bases de dados, garantindo apenas a presença de espécies já identificadas.
C A exclusão de todas as sequências de baixa abundância evita falsos positivos, mas pode levar à perda de espécies raras que são biologicamente relevantes para a comunidade estudada.
D O controle de qualidade inclui a remoção de sequências de baixa qualidade, o corte de adaptadores, a filtragem de contaminações e a aplicação de limiares estatísticos para minimizar erros de amplificação e sequenciamento.
E A normalização da abundância das OTUs pelo número total de reads garante que todas as espécies sejam igualmente representadas, evitando viés na detecção de organismos minoritários.