Devido à alta diversidade, número de espécies (riqueza) e abundância microbiana que podemos encontrar no solo, os microrganismos e os outros seres vivos presentes, como as plantas e a fauna, não sobrevivem de forma isolada, ou seja, não se desenvolvem independentemente um do outro. Quando um microrganismo produz uma substância que acidifica o solo e, com isso, o torna inadequado para a sobrevivência de outro, é um típico exemplo da seguinte interação microbiana:
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