A utiliza-se o mesmo par de iniciadores tanto para alelo normal quanto para mutante.
B é fundamental o uso de controle interno de reação.
C é necessária a utilização de sondas para alelo normal e alelo mutante.
D a polimerase utilizada é própria para síntese de grandes fragmentos.
E utiliza-se dNTP em concentração menor do que para uma PCR convencional.