A Manter a integridade e forma das moléculas a serem avaliadas; a desnaturação de proteínas, por exemplo, impede a visualização correta dos resultados e deve ser evitada.
B As condições laboratoriais em que são realizados os procedimentos; a umidade local pode interferir nos resultados, diminuindo sua confiabilidade.
C O controle da temperatura e a posição da cuba de eletroforese; em posições verticais e altas temperaturas, há uma maior separação das moléculas em estudo.
D A escolha do gel com porosidade adequada às moléculas avaliadas e a preparação prévia da amostra, de maneira a impedir a influência da forma das moléculas; dependendo destas condições, a separação pode ser mais refinada ou não.
E A manutenção de potencial elétrico neutro na cuba de eletroforese; a formação de cargas elétricas pode alterar a estrutura das moléculas, impedindo sua correta separação.