A O emprego do “Por que”, separado, está correto, uma vez que está sendo utilizado em uma frase interrogativa indireta.
B O emprego do “Por que”, separado, está correto, uma vez que está sendo utilizado em frases afirmativas e em respostas.
C O emprego do “Por que”, separado, está incorreto. O correto seria: “Porquê a Microsoft deixou 855 computadores no fundo do oceano por dois anos.” Ou seja, significa "causa", "razão", "motivo".
D “Por que”, separado, foi empregado corretamente. Ademais, também estaria correto trocar “Por que” por “Por quê”, sem qualquer outra alteração no período.