A a análise cladística filogeográfica integra dados filogenéticos e geográficos, possibilitando a reconstrução de eventos de vicariância e dispersão em linhagens fósseis, porém sua aplicação é limitada por pressupostos estritos sobre a monofilia dos grupos estudados.
B índices de similaridade baseados exclusivamente na presença e ausência de táxons não consideram a abundância relativa, tornando-os inadequados para estudos de paleobiogeografia quantitativa, especialmente em contextos de preservação diferencial.
C a modelagem de nicho ecológico paleobiológico (paleo-ENM) permite prever áreas potenciais de ocorrência de táxons fósseis a partir de variáveis ambientais paleoambientais, mas é inviável quando há alta incerteza estratigráfica nas amostras.
D a análise de correspondência (AC) aplicada em matrizes paleobiogeográficas pode revelar gradientes ambientais diretos que estruturam a distribuição faunística, mesmo quando não há correlação geográfica espacial explícita.
E a utilização combinada de dados moleculares extantes e registro fóssil é essencial para superar a ausência de registros fósseis em certos intervalos, porém inviabiliza a aplicação de métodos tradicionais de correlação paleobiogeográfica baseados em biozonas.