A a Controladoria-Geral da União, como Órgão Central, incumbido da orientação normativa e da supervisão técnica dos órgãos que compõem o Sistema.
B as Secretarias de Controle Interno (CISET) da Casa Civil e da Advocacia-Geral da União, como órgãos setoriais.
C as unidades de controle interno dos comandos militares, como unidades setoriais da Secretaria de Controle Interno do Ministério da Defesa.
D o Tribunal de Contas da União, como órgão auxiliar do Poder Legislativo.
E as Secretarias de Controle Interno (CISET) do Ministério das Relações Exteriores e do Ministério da Defesa, como órgãos setoriais.