A alguns dos microrganismos que atuam na decomposição podem causar doenças e produzir gases nocivos.
B alguns desses resíduos só se decompõem sob condições de anaerobiose, liberando assim gases fétidos para a atmosfera.
C o tempo de degradação sempre é inferior a poucas semanas, havendo o risco de depauperação do nitrogênio do solo.
D a massa dos subprodutos da biodegradação pode ser carreada para rios através de tubulações, entupindo-as e causando assoreamento dos corpos d’água.
E nem sempre ocorre a desintegrabilidade do produto original, fazendo com que esse material forme agregados de difícil estabilização.