A Os casos suspeitos de tuberculose pulmonar positivos ao exame direto do escarro.
B O diagnóstico das formas extrapulmonares, como meningoencefálica, renal, pleural, óssea ou ganglionar.
C Os casos com suspeita de resistência bacteriana às drogas; nestes, deve ser realizado o teste de sensibilidade.
D Os casos com suspeita de infecção por microbactérias não-tuberculosas, notadamente nos doentes HIV positivos ou com Aids, nos quais deverá ser realizada a tipificação do bacilo.
E Em pacientes com história de tratamento anterior para tuberculose, com imagens radiológicas sugestivas, porém com baciloscopia persistentemente negativa; nestes casos, o objetivo é de afastar a possibilidade de sequela.