A I - vigilância agropecuária do trânsito interestadual de vegetais e animais; II - coordenação e execução de programas e campanhas de controle e erradicação de pragas dos vegetais e doenças dos animais; e III - coordenação e execução dos programas, dos projetos e das atividades de educação sanitária em sua área de atuação.
B I - cadastro das propriedades; II - inventário das populações animais e vegetais; e III - controle de trânsito de animais e vegetais.
C I - cadastro dos laboratórios de diagnósticos de doenças; II - inventário das doenças e pragas diagnosticadas; e III - execução de campanhas de controle de doenças e pragas.
D I- elaborar os regulamentos sanitários e fitossanitários para transporte e comércio de animais, vegetais e suas partes, produtos e subprodutos; II - organizar, conduzir, elaborar e homologar análise de risco de pragas e doenças para transporte e comércio de produtos e matérias-primas; e III - promover o credenciamento de centros colaboradores.
E I - estabelecer procedimentos de amostragem, métodos e técnicas de controle, interpretação dos resultados e decisões decorrentes; II - desenvolver os programas de acompanhamento dos controles oficiais e da vigilância agropecuária; e III - apoiar à assistência mútua quando os controles oficiais exigirem a intervenção de mais de uma das Instâncias Intermediárias.