A três membros indicados pelo Ministro de Estado da Educação, sendo que um será o Presidente do Conselho e outro será seu substituto, nas suas ausências e impedimentos.
B dois membros indicados pelo Ministro de Estado do Planejamento, Orçamento e Gestão.
C um membro indicado pelo Ministro de Estado da Saúde.
D dois representantes dos empregados, e respectivo suplente.
E três membros indicados pela Associação Nacional dos Dirigentes das Instituições Federais de Ensino Superior .