A possuem alta toxicidade sistêmica quando deglutidas, com potencial teratogênico, então seu uso em pacientes gestantes está contraindicado.
B são indicadas na fase inicial da terapia periodontal e no controle da placa após cirurgias, mas não para controle da cárie radicular, no qual os fluoretos são a terapia recomendada.
C apresentam como principais vantagens a fácil aceitação pelos pacientes, já que possuem sabor agradável e não apresentam efeitos colaterais indesejáveis.
D não devem ser prescritas por mais de trinta dias consecutivos, em função do risco de seleção de espécies bacterianas resistentes.
E com concentração 0,12% apresentam a mesma eficiência clínica no controle da placa e da gengivite que concentrações mais elevadas, como 0,2%.