A digerir o DNA com enzimas de restrição específicas para os três SNPs, gerando extremidades colantes que serão aderidas aos iniciadores específicos; posteriormente, esse conjunto será submetido à amplificação por PCR em tempo real, e a genotipagem será avaliada após sequenciamento automático.
B gerar pequenos fragmentos genômicos a partir da amplificação por PCR em tempo real com três iniciadores aleloespecíficos, digerir com enzimas de restrição especificas e fazer a genotipagem pelo perfil observado em gel após eletroforese.
C utilizar a PCR em tempo real para amplificar cada SNP com os iniciadores aleloespecíficos, sequenciar os produtos em sequenciadores de segunda geração e, a partir do alinhamento das sequências, definir os genótipos.
D amplificar a região genômica em questão, utilizando PCR em tempo real, com os três pares de iniciadores aleloespecíficos marcados com fluorescência, simultaneamente, e sequenciar o produto desse multiplex para obtenção dos haplótipos que irão possibilitar a definição dos genótipos.
E analisar cada SNP individualmente via PCR em tempo real, utilizando iniciadores aleloespecíficos marcados com fluorescência e, de acordo com a avaliação dos sinais de fluorescência, definir o(s) alelo(s) para cada sítio genômico e, com esses dados, definir os genótipos.