A O agente caotrópico promove a desnaturação de proteínas e de estruturas secundárias do DNA, reduz a camada de hidratação e favorece a ligação seletiva dos ácidos nucleicos à superfície polar da sílica.
B O tiocianato de guanidina atua como estabilizador iônico, reduzindo a força iônica do tampão e permitindo que o DNA se mantenha solúvel em meio aquoso.
C O sal caotrópico funciona como quelante de íons divalentes, inibindo a ação de nucleases, mas não interfere na ligação do DNA à sílica.
D A presença de sais caotrópicos impede a ligação do DNA à matriz de sílica, sendo removidos antes da etapa de adsorção.
E O papel principal do tiocianato de guanidina é promover a precipitação direta do DNA, dispensando o uso de solventes alcoólicos.