A permite distinguir os efeitos específicos do silenciamento gênico de respostas celulares inespecíficas causadas pela introdução de RNA exógeno.
B serve como controle positivo para confirmar a eficiência da clivagem do mRNA.
C garante a incorporação preferencial do siRNA específico ao complexo RISC.
D evita a degradação do mRNA endógeno por mecanismos de recombinação homóloga.
E substitui a necessidade do uso de genes constitutivos normalizadores nas análises por qPCR.