A VANTAGEMDESVANTAGEMCL-MS - versatilidade técnica devido a diferentes métodos de ionização.CG-MS - baixa especificidade na detecção de diferentes compostos.
B VANTAGEMDESVANTAGEMCG-MS - alta especificidade na detecção e quantificação de diferentes compostos.CL-MS - problemas relacionados à interface do sistema (velocidade de bombeamento, vazão de eluente e fonte de ionização).
C VANTAGEMDESVANTAGEMCL-MS - exclui necessidade de etapas de derivação da amostraCG-MS - não possibilita que uma única matriz biológica possa ser usada para várias determinações quantitativas.
D VANTAGEMDESVANTAGEMCL-MS - análise de diferentes analitos devem ser realizadas em amostragens distintas.CG-MS - tem limitações para aplicações em compostos pouco voláteis, necessitando de tratamento de derivação da amostra.
E VANTAGEMDESVANTAGEMCG-MS - Amostras pouco voláteis não interferem na análise de analitos muito voláteis, pois estes não são identificados pelo detector.CL-MS - não admite a utilização de amostrador automático para amostras de drogas de abuso.