A Vinculação de receitas: os recursos podem ser transferidos entre os Fundos, isto garante a perfeita alocação dos recursos e o empenho da verba ainda no exercício vigente. Entretanto, devem ser aplicados para estimular a cadeia do conhecimento e o processo inovativo do setor no qual se originam.
B Anualidade: pode-se programar o apoio a ações e projetos com duração para um exercício fiscal.
C Gestão compartilhada: os Comitês Gestores são constituídos por representantes de ministérios, das agências reguladoras, da comunidade científica e do setor empresarial, o que permite maior transparência na aplicação dos recursos e na avaliação dos resultados.
D Fontes diversas: os recursos são oriundos de diferentes setores produtivos, derivados de receitas variadas, comoroyalties, compensação financeira, licenças, autorizações, etc. No entanto, o setor financeiro também contribui, com aportes do BACEN, BNDES e Banco do Brasil.
E Os recursos dos Fundos Setoriais, em geral, são aplicados em projetos selecionados por meio de licitações, cujos editais são publicados nos portais: FINEP, CNPq, AFEAM e BNDES.