A micro-organismos que compõem a microbiota intestinal humana mais comumente citados pertencem aos filos Bacteroidetes e Firmicutes.
B logo após o nascimento, há uma predominância das respostas mediadas pelos eosinófilos, sendo dependente da presença de bactérias intestinais dos filos Bacteroidetes.
C recém-nascidos que ingerem apenas leite humano possuem diversidade microbiana limitada, sendo composta basicamente pelos gêneros Bifidobacterium sp. E Lactobacillus sp., chegando a perfazer 90 % da microbiota nos primeiros dias de vida.
D o leite humano pode ser considerado uma alternativa profilática contra o desenvolvimento de infecções e doenças alérgicas, devido a diversidade de nutrientes e proteínas funcionais como a lactoferrina, que quando associados tem a capacidade de estimular o sistema imunológico e facilitar o desenvolvimento dos mecanismos de defesa do lactente.
E o leite humano também é rico em anticorpos como a imunoglobulina A (IgA), que é capaz de fornecer proteção antimicrobiana às mucosas (profilaxia enterocolites).