A remove as leituras (reads) de baixa qualidade da montagem, melhorando a etapa de predição gênica.
B permite o alinhamento das leituras (reads) ao genoma de referência.
C auxilia no ordenamento e orientação dos contigs para reconstruir fragmentos genômicos maiores.
D permite inferir o número de genes a partir dos dados de sequenciamento.
E permite avaliar a qualidade da montagem em função da presença e ausência de marcadores.