No sistema operacional Linux, a interface shell permite
tanto executar programas distribuídos com o sistema operacional como desenvolver programas customizados. O
comando shell, que permite iterar todos os arquivos fastq
no diretório atual e mapeá-los no banco de dados denominado “referencia”, o qual contém o genoma de referência
indexado, também no diretório atual, produzindo arquivos
.sam como saída, é:
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