Um dos principais problemas associados à estimativa
filogenética usando caracteres moleculares é o acúmulo de
substituições múltiplas. No caso de sequências de DNA só
existem quatro estados de caracteres possíveis A, T, C e G.
Portanto, em uma mesma posição de um gene duas
sequências podem apresentar a mesma base, não devido à
ancestralidade comum (homologia), mas sim por
“coincidência" (homoplasia) já que houveram substituições
múltiplas em uma mesma posição, devido a alta taxa de
substituição. As substituições múltiplas levam a uma subestimativa
da distância genética, ou seja, do real número de
mudanças que ocorreu na sequência estudada. O principal a
meio de corrigir as estimativas de distância genética é:
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