A ter uma simbologia incompatível com a moderna gestão de processos, por serem compostos por um número expressivo de símbolos que poucos benefícios trazem, em geral, aos gestores.
B o fato de que os modernos manuais virtuais tornaram o fluxograma um instrumento obsoleto quando se deseja compreender o fluxo de pessoas e papéis num dado momento.
C a natural dificuldade que funcionários de apoio têm na interpretação dos símbolos típicos dos fluxogramas.
D o fato de que não existe gestão de processos com a simples aplicação do fluxograma, pois ele apenas registra, na maioria dos modelos de fluxogramas, um único processo, e raramente menciona alguma correspondência com outros processos.
E que, curiosamente, consultores e gestores têm certa aversão aos fluxogramas porque, em geral, eles apresentam longas rotinas que dificultam sua pronta análise e imediata simplificação.