A Gerência, à qual compete assinar os contratos, convênios, acordos, ajustes e congêneres.
B Superintendência, à qual compete planejar, coordenar, supervisionar e fazer executar as ações relativas à administração de recursos humanos do SAAE.
C Superintendência, à qual compete coordenar a elaboração dos planos e dos programas anuais de trabalho, dirigindo e fiscalizando sua execução.
D Gerência, à qual compete coordenar as relações do SAAE com outros órgãos públicos e privados, inclusive a Câmara Municipal.
E Setor, ao qual compete avaliar o cumprimento das metas previstas nos planos plurianuais e a execução dos programas de investimentos e do orçamento.