A pela ligação de centenas a milhares de sequências de DNA desconhecidas a uma superfície sólida, como uma placa de plástico ou lâmina, por exemplo.
B pela hibridização das sequências “alvo” ao arranjo de sondas de DNA, gerando uma intensidade de sinal a cada espécie de DNA no arranjo, correspondente ao nível de expressão do gene em questão.
C por sequências de DNA fixas não marcadas, chamadas de “alvo”, porque são sequências conhecidas, enquanto as sequências “sonda” são compostas de c-DNAs marcados e amplificados, a partir de um RNA total de uma célula ou tecido.
D pela quantidade de mRNA em uma amostra, em vez do seu tamanho, conforme o princípio da técnica de hibridização de Southern blot. Nesse caso, a quantidade de hibridização reflete o nível de expressão do gene que codifica o mRNA em questão.