A é integrado pela Secretaria Federal de Controle Interno, como órgão central, e pelos órgãos setoriais, que são aqueles de controle interno que integram a estrutura do Ministério da Educação, do Ministério da Fazenda, da Advocacia-Geral da União e da Casa Civil.
B tem por finalidade comprovar a legalidade e avaliar os resultados, quanto à eficácia e eficiência, da gestão orçamentária, financeira e patrimonial nos órgãos e nas entidades da administração pública federal, bem como da aplicação de recursos públicos por entidades de direito privado.
C compreende as atividades de avaliação do cumprimento das metas previstas no plano plurianual, da execução dos programas de governo e dos orçamentos da União e de avaliação da gestão dos administradores públicos federais, utilizando como instrumentos a auditoria, o processo judicial e a fiscalização.
D visa à avaliação da ação governamental e da gestão dos administradores públicos federais, por intermédio da fiscalização contábil, financeira, orçamentária, operacional e patrimonial, podendo substituir, quando requisitado, o controle externo no exercício de sua missão institucional.
E tem por finalidade consolidar os balanços da União, dos estados, do Distrito Federal e dos municípios, com vistas à elaboração do balanço do setor público nacional.