A ácido geral, auxiliando na formação do íon imidazol por efeito de polarização do íon carboxilato da ligação peptídica a ser clivada.
B base geral, formando o íon imidazol que promoverá o ataque nucleofílico da ligação peptídica a ser clivada.
C estabilizador da estrutura tridimensional da tríade catalítica para o posicionamento específico da ligação peptídica a ser clivada.
D um nucleófilo, realizando a transferência de prótons para o grupo amina da ligação peptídica a ser clivada.
E um nucleófilo, realizando um ataque nucleofílico ao grupo carbonila da ligação peptídica a ser clivada.