A celebrar atos de outorga de permissão ou autorização de prestação de serviços de transporte pelas empresas de navegação fluvial, lacustre, de travessia, de apoio marítimo, de apoio portuário, de cabotagem e de longo curso, cabendo ao Ministério da Infraestrutura o gerenciamento dos respectivos contratos e demais instrumentos administrativos.
B decidir sobre a política de apoio à indústria de construção naval e de afretamento de embarcações estrangeiras, regulamentando sobre as questões relativas à composição da frota mercante brasileira e à prática de afretamento de embarcações.
C representar a República Federativa do Brasil junto aos organismos internacionais de navegação e em convenções, acordos e tratados sobre transporte aquaviário, podendo participar de foros internacionais, sob a coordenação do Poder Executivo.
D fomentar competição entre as prestadoras de serviços aquaviários de transporte, ficando vedada a tomada de medidas direcionadas a evitar práticas anticoncorrenciais, matéria de competência do Conselho Administrativo de Defesa Econômica – CADE – e da Secretaria de Acompanhamento Econômico do Ministério da Fazenda – SEAE.
E celebrar contratos de concessão, precedidos ou não de execução de obra pública, para a exploração de serviços de operação de eclusas ou de outros dispositivos de transposição hidroviária de níveis situados em corpos de água de domínio da União e dos estados da Federação.