A essas podem incluir, por exemplo, EST, microarranjo e RNA-seq.
B ainda não existe aplicação ou uso do PCR em tempo real nesse tipo de análise.
C geralmente essas análises geram uma lista com alguns poucos genes diferencialmente expressos.
D a interpretação biológica a partir de uma lista de genes diferencialmente expressos pode ser resolvida de maneira simples.
E até o presente momento, não existe ainda nenhuma ferramenta de bioinformática já desenvolvida para inferir na função biológica dos genes de interesse.