A o transcriptoma é o mesmo em todos tecidos e órgãos.
B vários transcriptomas podem haver em um único organismo.
C independente de estágio de desenvolvimento, o transcriptoma é o mesmo.
D a transcriptômica estuda o RNA mensageiro (mRNA) apenas, o que exclui RNA não codificante (ncRNA).
E apesar de sua aplicação em diversos campos da biologia, a transcriptômica não pode ser pesquisada através de técnicas de alto desempenho (high throughput) e sequenciamento de nova geração (NGS).