A quanto a origem das mutações, elas sempre ocorrem em função de uma indução por atividade humana.
B quanto ao destino, as mutações são classificadas como somáticas quando envolverem gametas ou zigotos.
C quanto ao tamanho da estrutura envolvida, as mutações gênicas referem-se aos casos onde trechos de DNA alterado forem relativamente grandes, quando podem ocorrer quebras de cromossomos.
D com relação ao compartimento atingido, as mutações serão citoplasmáticas quando ocorrerem no DNA presente nos cromossomos do núcleo, e nucleares quando ocorrerem no DNA de mitocôndria e cloroplastos.
E as mutações gênicas representam a maioria das mutações úteis ao melhoramento genético, pois, nestes casos de simples substituição de bases, a sobrevivência e a fertilidade dos mutantes são muito maiores do que nas mutações cromossômicas.