A os agentes etiológicos da mieloencefalite protozoária equina são Sarcocystis neurona, Neospora caninum e Neospora huguesi.
B o diagnóstico diferencial da mieloencefalite protozoária equina deve ser realizado para mielopatia estenótica cervical, mieloencefalopatia degenerativa equina, mieloencefalopatia com neurite ou vasculite causada pelo Herpesvírus equino do tipo 1 e trauma.
C a encefalomielite equina é uma zoonose.
D a raiva causa encefalite em equinos, levando a incoordenação motora, ataxia, paresia de faringe, tremores no focinho e paresia ou paralisia dos membros pélvicos.
E o Clostridium tetani causa o tétano, e equinos possuem menor susceptibilidade à doença quando comparados aos bovinos.