A o método Múltiplo Ótimo: é a abordagem utilizada pelo ClustalW, em que a solução não é ótima, mas gera um alinhamento com pouca perda de qualidade em tempo aceitável.
B o alinhamento com heurísticas: devido ser um problema NP-difícil, é pouco utilizado, pois somente resolve problemas com pouquíssimas sequências.
C o método usado pelo ClustalW: pode ser dividido em três passos, gerar a matriz de distâncias, gerar a árvore guia, e por fim, realizar o alinhamento.
D o alinhamento progressivo: é a abordagem utilizada quando se quer alinhar uma grande quantidade de sequências, i.e., sequências de uma base de dados.