A a luz visível atravessa diretamente o espécime e, em seguida, um conjunto de lentes que causam sua refração, ampliando a imagem.
B um feixe de elétrons percorre a superfície do espécime, fornecendo uma imagem da sua topografia com um efeito 3-D.
C uma fonte de luz de mercúrio e filtros especiais são usados para selecionar o comprimento de onda que será absorvido e refletido pelo espécime, corado com pigmento fluorescente.
D um feixe de laser muito estreito é usado para focalizar o espécime, que é marcado com uma molécula fluorescente.
E o espécime é atravessado por um feixe de elétrons, que são transmitidos para um conjunto de lentes (magnetos) e depois para um detector de elétrons para formar a imagem.